Nae Yogu Indonesia awalnya terbentuk pada tahun 2012 yang masih berfokus kepada pendidikan anak usia dini dengan nama Nae Yogu School House Inklusi, namun seiring dengan berjalannya waktu perlunya mengesahkan Nae Yogu Indonesia sebagai lembaga resmi yang ber-Badan Hukum agar dapat memperluas program-program untuk menyentuh dan memberikan manfaat kepada seluruh lapisan masyarakat yaitu pada Bulan Januari 2016 dengan nama NAE YOGU INDONESIA FOUNDATION dimana secara umum akan menangani bidang Pendidikan, Sosial Kemasyarakatan, dan Bidang Keagamaan.