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In qualità di Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS) riconosciuto dal Ministero della Sanità, il San Raffaele usufruisce di finanziamenti ministeriali a supporto delle attività di ricerca intramurali, che vengono identificate come ricerca "corrente" e "finalizzata". La ricerca corrente è quella "permanente" dell'Istituto svolta in base a specifiche tematiche di riconoscimento (nel 2001 l'Istituto San Raffaele è stato riconosciuto Istituto per la Medicina Molecolare). È finanziata su base annuale (anno solare) e copre i costi generali e del personale dipendente. L'ammontare del finanziamento viene determinato in base ad indici di ordine scientifico (organico di ricerca, laboratori, produttività) e sanitario (qualità dell'assistenza, case mix, ricoveri extra regione). La ricerca finalizzata è invece soggetta a bandi specifici emessi dal Ministero della Sanità, cui l'Istituto può concorrere in base alle proprie competenze. Copre solo i costi attribuibili alla ricerca sostenuti nel periodo di svolgimento della stessa, limitatamente a personale non dipendente appositamente coinvolto, consumi, viaggi. Prevede un co-finanziamento da parte dell'Istituto.