Een van de kerntaken van FlexDossier is het bewaken van de veiligheid van de medisch dossiers. Daarnaast heeft FlexDossier de zorg dat medisch specialisten en patiënten gedurende de gehele wettelijke bewaartermijn veilig bij hun dossier kunnen. Ook als die termijn 40 jaar is. Veiligheid en continuïteit worden primair gegarandeerd door de gehanteerde techniek. Daarnaast is aan FlexDossier de stichting "Kwaliteitsbewaking FlexDossier en Closed Medical Files" verbonden, die toezicht houdt op het beheer van de dossiers. Zo wordt de dossierveiligheid geborgd. Moet een andere bedrijfsarts bijvoorbeeld toegang krijgen tot een medisch dossier, dan ziet de stichting er op toe dat dat op een correcte manier gebeurt, zonder dat de privacy of het medisch geheim van medewerkers geschonden wordt. En ook zo garanderen we de continuïteit. Onafhankelijke werkgevers, werknemers, artsen en juristen vormen samen het bestuur van de stichting.