Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang berdiri berdasarkan Surat Keputusan Presiden No. 50 tanggal 21 Juni 2004. Bermula dari gagasan para tokoh Jawa Timur untuk mendirikan lembaga pendidikan tinggi Islam di bawah Departemen Agama, dibentuklah Panitia Pendirian IAIN Cabang Surabaya melalui Surat Keputusan Menteri Agama No. 17 Tahun 1961 yang bertugas untuk mendirikan Fakultas Syari'ah yang berkedudukan di Surabaya dan Fakultas Tarbiyah yang berkedudukan di Malang. Keduanya merupakan fakultas cabang IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dan diresmikan bersamaan oleh Menteri Agama pada 28 Oktober 1961. Pada 1 Oktober 1964 didirikan juga Fakultas Ushuluddin yang berkedudukan di Kediri melalui Surat Keputusan Menteri Agama No. 66/1964.Dalam perkembangannya, ketiga fakultas cabang tersebut digabung dan secara struktural berada di bawah naungan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Sunan Ampel yang didirikan berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama No. 20 tahun 1965. Sejak saat itu, Fakultas Tarbiyah Malang merupakan fakultas cabang IAIN Sunan Ampel. Melalui Keputusan Presiden No. 11 Tahun 1997, pada pertengahan 1997 Fakultas Tarbiyah Malang IAIN Sunan Ampel beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Malang bersamaan dengan perubahan status kelembagaan semua fakultas cabang di lingkungan IAIN se-Indonesia yang berjumlah 33 buah. Dengan demikian, sejak saat itu pula STAIN Malang merupakan lembaga pendidikan tinggi Islam otonom yang lepas dari IAIN Sunan Ampel.