AJPH est créé en novembre 2019 par onze pharmaciens hospitaliers désireux de défendre et améliorer les statuts des jeunes diplômés de l'internat non encore titularisés. Dans la foulée, le 1er Conseil d'Administration a été élu réunissant dès sa fondation 30 administrateurs représentatifs de la totalité des régions de France. Indépendant de toute intersyndical, AJPH collabore avec les organisations syndicales défendant les mêmes valeurs et revendications.